ในระหว่างที่รัฐบาลกลางกำลังหารือการร่วมมือและสร้างพันธมิตรในกฎเกณท์ที่มีความสันติภาพกับมนุษย์กลายพันธ์ โรงเรียนซาเวียร์มีภารกิจในการออกตามหา โรแกน (ฮิวจ์ แจ็กแมน) และมนุษย์กลายพันธ์คนอื่นๆ ที่จะได้เข้าร่วมปฎิบัติการของเหล่ามนุษย์กลายพันธ์เพื่อหยุดแผนวายร้ายแม็กนีโต้ที่ต้องการล้มล้างรัฐบาลและสร้างสงครามระหว่างมนุษย์ แต่ว่า โรแกน ต้องการเลือกที่จะตามหาตัวตนของเขาที่หายไประหว่างความจำเสื่อม ทีมเอ็กเมนจึงออกปฎับัติภารกิจในสถานที่ๆ มีการติดตั้งระเบิดไว้บนชายฝั่งของนิวยอร์ค ซิตี้