จีน เกรย์ (แฟมเก้ แจนเซ่น) เปลี่ยนบุคคลิกและนิสัยในตัวตนที่มืดมนและควบคุมไม่ได้ เรียกว่าฟีนิกซ์ ซึ่งมีเพียงแม็กนีโต้และศาสตราจารย์ ชาร์ลส์ ซาเวียร์ (แพทริค สจ๊วต) ที่รู้เรื่องจริงของเธอในอดีตระหว่างทำการรักษาโรแกนในห้องลับของ X-Men ขณะที่นักศึกษาที่มีพลังมนุษย์กลายพันธืเริ่มสับสนในเรื่องของความรักพวกเขาถูกคัดเลือกให้เข้าร่วมภารกิจของ X-Men กับนักเรียนที่มีพลังสูง ในระหว่างนั้นรัฐบาลค้นพบวัคซีนที่จะหยุดการกลายพันธ์และหยุดการใช้พลังของพวกเขา เอริก เลห์นเชอร์ (เอียน แม็กเคลเลน) ได้คัดเลือกผู้มีพลังเหนือมนุษย์เพื่อทำสงครามทำลายฐานที่ตั้งในการผลิตวัคซีนนี้ จีน เกรย์ จึงจำเ็นต้อปลดปล่อยพลังทั้งหมดของเธอ