เมื่อพลังที่เกินการควบคุมของ จีน เกรย์ (โซฟี เทอร์เนอร์) กำลังฆ่าทุกคนและโดยเฉพาะกับคนรักรอบตัวของเธอ แล้ว จีน เกรย์ ก็เริ่มออกห่างจากกลุ่ม X-Men เพื่อไปตามทางชีวิตที่สับสนกับคำเรียกพลังอีกด้านว่า ฟีนิกซ์ พลังด้านมืดอันเลวร้ายที่ซ่อนเอาไว้จากอีกตัวตนของ จีน ในระหว่างที่เธอออกตามหากลุ่มของ เอริก เลห์นเชอร์ (ไมเคิล ฟาสเบนเดอร์) ที่ซ่อนตัวอยู่บนเกาะอันห่างไกลและมีเป้าหมายในการช่วยเหลือมนุษย์กลายพันธ์ที่โดนมนุษญืและกองทัพสหรัฐฯ ออกตามล่า