นิค ฟิวรี (ซามูเอล แอล. แจ็กสัน) ที่ยังคงเป็นผู้ควบคุมปฎิบัติการภาคสนามของหน่วยสายลับชิลด์ เขาได้วางแผนพิทักษ์โลกด้วยการรวบรวมทีมอเวนเจอร์และให้ทำตามคำสั่งของกัปตันอเมริกา แม้ว่าเขาและไอรอ่นแมนจะมีความสัมพันธืที่ไม่ลงตัวกับไอเดียที่แตกต่างและไม่มั่นคง แต่ยอดมนุษย์คนอื่นๆ คือคำตอบและคุมพลังในการเอาชนะเอเลี่ยนส์และศัตรูต่างมิติที่เตรียมการบุกโลกอยู่ตลอดเวลา ในขณะเดียวกันพวกเขาไม่รู้ตัวเลยว่าสายลับของไฮดรา้กำลังแทรกซึมอยู่ในองค์กรแล้วคอยกำจัดทีมงานที่เคยภักดีด้วยวิธีการต่างๆ