ในช่วงเวลาที่ Shadow ถูกกักขัง เขาได้ถูกทดสอบและทดลองจนมีพลังมากขึ้นกว่าเดิมและกำลังที่เหนือกว่าโซนิด แต่ทุกอย่างเป็นเพียงงานวิจัยของกระทรวงกลาโหม ในที่สุด Shadow ก็หลุดพ้นจากที่ขุมขังและออกมาแก้แค้นเหล่าทหารและกองทัพของนายพลผู้ชั่วร้ายที่เคยทรยศต่อเหล่ามอนสเตอร์และทำให้เขาต้องพรัดพรากจากเด็กสาวที่เปลี่ยนนิสัยของ Shadow ให้มีจิตใจเมตตาและสามารถใช้ชีวิตอยู่ร่วมกับคนบนโลกและเด็กๆ ในช่วงเวลานั้นเอง Sonic และ Tails กลับมารวมตัวอีกครั้งเพื่อต่อสู้กับ Shadow ด้วยคำขอของกองทัพและมีเพียง Knuckles ที่รู้จุดอ่อนและความต้องการของ Shadow อย่างไรก็ตามพวกเขาต้องเอาชนะพลังของ Shadow และหยุดเทคโฯโ,ียีทำลายล้างที่ถูกนำมาแก้แค้น ก่อนหน้านี้ ทอม (รับบทโดย เจมส์ มาร์สเดน) และ แมดดี้ (รับบทโดย ติก้า ซัมป์เตอร์) ได้แอบเข้าไปในค่ายและห้องแล็ปของกองทัพ เพื่อนำข้อมูลของนักวิทยาศาสตร์กลับคืนมาแล้วช่วยเหลือโซนิคและเพื่อนๆ แต่ทุกอย่างก็สายเกินไปกับแผนการของศาสตรจารย์สติเฟื้อง