ในช่วงของการลาพักร้อน อีธาน ฮันท์ (ทอม ครูซ) สายลับของ IMF ได้ซ่อนตัวออกไปไกลในอเมริกาใต้ อย่างไรก็ตามเขาได้รับภารกิจในการแทรกซึมเข้าไปค้นหาอาวูธรายแรงทางเคมีที่เชื่อมโยงไปถึง ดร. เนคฮอร์วิช (ราเด เชอร์เบดจิยา) ผู้คิดค้นไข้หวัดสายพันธุ์ที่ปรากฎอยู่ในประวัติศาสตร์ มีชื่อว่า "ไคเมรา" (Chimera) และเขาก็ได้รับการติดต่อกับสายลับในต่างประเทศที่แฝงตัวอยู่กับพ่อค้าในตลาดมืดคือ นยาห์ (ธันดิเว นิวตัน) ที่กำลังมีความสนิทสนมกับ ฌอน แอมโบรส (ดักเรย์ สกอตต์) มาหลายปีในฐานะอดีตสายลับ